Hola Nicolás,
Con la versión actual de mi plugin no se puede hacer lo que pides. Quizás se incluya en la próxima versión, aunque no es una funcionalidad demandada, la verdad.
Tampoco conozco ningún plugin de envíos que lo haga. Eso no quiere decir que no lo haya.
Tampoco se podría hacer con clases de envío, ya que estas no te permiten excluir productos de determinados métodos de envío. O por lo menos, yo no conozco la forma de hacerlo.
A priori, la única solución que veo, es con un desarrollo a medida.
Espero que pronto encuentres la forma de solucionarlo. Y si es así, no dudes en compartirlo en los comentarios. (Podría resultar de interés para otros lectores del blog).
Saludos!